Sinopsis: La historia une dos generaciones de viajeros espaciales en una misión de rescate desesperada: El accidente: El famoso tren espacial Galaxy Express 999, con Maetel y Tetsuro a bordo, se sale de su ruta y realiza un aterrizaje de emergencia en un planeta misterioso llamado Herat, que parece estar fuera del alcance de la Red de Ferrocarriles Galácticos. La SDF al rescate: La SDF (Space Defense Force), el cuerpo militar encargado de proteger las vías férreas espaciales, envía a la unidad de élite Sirius, liderada por Manabu Yuuki, para rescatar a los pasajeros. El misterio de Herat: Al llegar al planeta, descubren que el tiempo allí fluye de manera extraña y que los recuerdos de quienes lo pisan empiezan a borrarse. Además, el planeta está bajo la vigilancia de una civilización avanzada que no desea que nadie escape.